1985年9月9日，卢卡-莫德里奇出生在前南斯拉夫，克罗地亚共和国的扎达尔。莫德里奇恶父母都在一家纺织厂工作。莫德里奇早年大部分时间都在他祖父的石屋里度过，他的名字就是以祖父的名字命名的。
然而，莫德里奇的童年恰逢1991年开始的克罗地亚独立战争，随着战争的升级，他的家人被迫逃离家乡。莫德里奇的祖父卢卡于1991年12月在家附近被塞族武装分子枪杀。一家人逃离后，房子也被毁烧。6岁的莫德里奇就这样成为了难民，与家人在科洛瓦雷酒店一住就是七年，后来他们搬到了扎达尔的另外一家酒店。莫德里奇的父亲加入了克罗地亚军队，成为了一名航空机械师。在那些年里，数以千计的炸弹落在城市中，足球是逃避战争现实的一种方式。莫德里奇曾回忆说，这对他的家人来说是一段艰难的时期，也是塑造他个人性格的一个时期。他还说他几乎不知道有这场战争，因为他与许多其他孩子在这段时期成为了朋友，他们的父母尽量不让战争的阴霾影响他们的童年。
在这么困难的情况下，莫德里奇开始踢球，主要是在酒店的停车场。1992年，他同时进入了小学和体育学院，后者需要用家里仅有的一点钱支付费用，有时还得到了莫德里奇叔叔的帮助。作为一名足球男孩，他当时将博班和托蒂作为了自己的足球偶像。
在家人的支持下，他参加了青训营并在NK扎达尔接受训练。莫德里奇在教练托米斯拉夫-巴斯奇的指导下迅速成长，巴斯奇被莫德里奇视为他的“足球之父”。由于被认为太过年轻，莫德里奇没有被达尔马地区最具代表性的足球俱乐部劲旅斯普利特海杜克签下。包括在意大利的青年锦标赛中在展示了一些天赋之后，巴斯奇在2001年底安排莫德里奇转会到克罗地亚足球豪门萨格勒布迪纳摩队，当时莫德里奇年仅16岁。在萨格勒布迪纳摩青年队效力一个赛季后，莫德里奇于 2003年被租借到波斯尼亚超级联赛的兹林斯基莫斯塔尔。在此期间，他确立了自己中场指挥官的踢法，年仅18岁就成为波黑联赛年度最佳球员。 莫德里奇后来说：“能够在波黑联赛踢球的人，可以在任何地方的联赛踢上球。”次年，莫德里奇被租借到克罗地亚球队萨普雷西奇。他在那里度过了一个赛季，并帮助球队在联赛中获得第二名，在欧洲联盟杯预赛中获得一席之地。莫德里奇还在2004年获得了克罗地亚足球年度新秀奖。在2005年，莫德里奇回到了萨格勒布迪纳摩队。（Guilty）
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