MSDos.SYS作为系统盘中的核心文件，是系统启动时必不可少的。在DOS操作系统时代，主要负责建立、删除以及读写磁盘文件等的管理，内存的管理、磁盘和其它系统资源的管理工作。
在MS-DOS 6.x及以下版本中，MSDOS.SYS是一个非常重要的启动文件。不过，到了MS-DOS 7.x版本中，MSDOS.SYS变成了一个设置文件，有点类似CONFIG.SYS，仍具有较大的作用。
MSDOS.SYS的作用 在Win9X中，MSDOS.SYS变成了纯文本系统配置文件，用于控制Win的启动方式。可以在DOS模式下解除其特殊属性(只读、隐藏、系统)，根据需要自行配置。MSDOS.SYS可以是空文件，甚至可以删除，当然此时系统只能以纯DOS方式启动，不能进入GUI系统。
用SYS向硬盘传送系统以修复启动文件时，将覆盖引导记录、IO.SYS和COMMAND.COM，MSDOS.SYS的内容保持不变，保证系统引导部分修复后，整个系统仍能正常启动
Windows98 的 MSDOS.SYS 文件中 [Options] 块中的一些设置。
[Options] AutoScan=1/0 BootDelay=2/? BootGUI=1/0 BootKeys=1/0 BootMenu=0/1 BootMenuDefault=1/2/3/4/5/6/7 BootMulti=0/1 BootWarn=1/0 BootWin=1/0 DblSpace=0/1 DoubleBuffer=0/1 DrvSpace=0/1 Load Top=1/0 Logo=1/0 WinVer=4.10.1998
